自2002年X档案的六年后，前联邦探员丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）调任某教会医院担任医师，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）则过着隐居的生活，继续着对超自然现象的关注。某天，FBI探员前来请求他们的帮助。原来一段时间内，维吉尼亚州接连有数名女子神秘失踪，其中甚至包括一名联邦探员。由于神父约瑟夫（Billy Connolly 饰）声称看到了犯罪画面，因此FBI希望对超自然案件有着丰富经验的穆德和斯科莉协助调查。然而随着调查的深入，穆德和斯科莉

Audrey（哈莉·贝瑞 Halle Berry 饰）和丈夫Brian（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）结婚11年，共同孕育了一对儿女，日子过的幸福平静。某天，Brian因为介入陌生家庭的纠纷而丧生，Audrey原本温顺的生活突然张开血盆大口，风云突变。为了填补空白，Audrey邀请丈夫死党Jerry Sunborne（本尼西奥·德尔·托罗 Benicio Del Toro 饰）搬进了自己家车库旁边的房间，希望他可以帮助自己和孩子们度过难关，为此，穷困潦倒的瘾君子Jerry，不得不努力和毒