本次的故事发生在全新的冒险舞台——“合众地方”。其蓝本是第五世代游戏（口袋妖怪黑白）。小智与皮卡丘和新伙伴艾莉丝、天桐一起展开为了追寻梦想和冒险以及和各种各样神奇宝贝的邂逅的旅行。

小智（松本莉香 配音）来自真新镇，他的目标是要成为神奇宝贝顶级训练师。在即将展开训练师旅程的一天，因为迟到，他并没有拿到初始的小精灵。大木博士（石冢运昇 配音）见状，便送了一只不愿进精灵球和非常调皮的皮卡丘给这位失落的年轻人。于是，他们俩便踏上了精灵宝可梦的旅程。在旅途中，他们的之间的隔阂逐渐打破，并认识了同行的伙伴诚子（佐藤刊里 配音）与宗次（本乡奏多 配音），并听到了有关凤王的传说。“受到虹色之羽的引导，见到凤王的人，就会成为彩虹勇士...”该动画继续讲述小智与皮卡丘踏上成为宝可梦大师的冒险之旅。

小智与皮卡丘新的冒险开始了！新的冒险舞台是自然资源丰富的阿罗拉地区。在阿罗拉地区这个四处都是蔚蓝的天空和蓝色的大海的地方，等待着小智和皮卡丘的是？新的宝可梦，新的伙伴，以及新的经历。新的冒险旅程终于拉开了帷幕！去吧！全力！大冒险！

宝可梦是与我们共同生活在这个星球上不可思议的生物，在这个世界上，既有与人类共同生活的宝可梦，也有生活在草丛、天空、以及在水里的野生宝可梦。住在关都地区，形单影只的皮丘遇见了袋兽母子，此后便与他们共同生活，并最终进化成了皮卡丘。几年后，生活在真新镇的10岁少年小智与皮卡丘受到大木博士的邀请，参加枯叶市樱木研究所的落成典礼。在此，小智在追逐幻之宝可梦洛奇亚的过程中与小豪相遇了。目标与最强王者丹帝对战的小智，以及梦想收服所有宝可梦并追寻梦幻的小豪，二人以樱木研究所特别调查员的身份出发，在不同地区展开调查，邂逅了

和小智皮卡丘一起去冒险吧

精灵宝可梦，简称宝可梦，是栖息于这颗星球的奇妙生物。天空、大海、森林、城市，全世界的每一个角落都能看到它们的身影。故事的主角是两位少年，目标在宝可梦对战中成为最强的小智，和梦想收服所有宝可梦的小豪。小智的搭档是皮卡丘，小豪的搭档是炎兔儿，他们将和许许多多的宝可梦一起，在广阔的宝可梦世界展开冒险。开始逐梦和冒险之旅吧！朝着宝可梦的世界！出发！

宝可梦是与我们共同生活在这个星球上不可思议的生物。目标与最强王者丹帝对战的小智，以及梦想收服所有宝可梦并追寻梦幻的小豪，二人以樱木研究所特别调查员的身份出发，在不同地区展开调查，邂逅了各种各样不可思议的宝可梦，还在旅途中收服了新的搭档。