书生宁采臣（张国荣饰）收账不成，无处可归，遂夜宿鬼寺兰若寺，遇上侠士燕赤霞（午马饰），二人成为邻居。一日偶遇艳女小倩（王祖贤饰），二人两情相悦，但小倩乃是被树妖姥姥控制的鬼魂，专门迷惑精壮男子代姥姥吸

横跨阴阳两界，完我前世今生！漂亮、聪明的女鬼聂小倩奉鬼姥之命去勾引才貌双全的书生宁采臣，不料两人却暗生情愫、互相倾慕；而宁采臣偶然知聂小倩就是自己傻媳妇良工的前世时，更下定决心为小倩报仇，帮她摆脱鬼姥，还阳人世。侠士燕赤霞秉师命去济南找知府王华报仇，并从王府寻回自己心中的爱人宦娘，而宦娘却对宁采臣同窗吕子凯情有独钟……

道士燕赤霞和书生宁采臣，为了除掉树妖姥姥救出受制于姥姥的聂小倩，与众侠士在兰若寺中与姥姥大战，不慎引发乾坤金印的时空穿梭神力，被金印传送到了现代。来到现代的燕赤霞、宁采臣和聂小倩从妖魔手上救下女主角媛媛，三人在媛媛家暂时安顿，却给媛媛带来了诸多麻烦。另一边，一同来到现代的姥姥和蛇妖处心积虑的想要利用乾坤金印的神力，妄图将兰若寺搬到现代，把人间变成妖魔的乐园。燕赤霞和媛媛完全不知道已经进入了姥姥的巨大阴谋之中。最终，媛媛牺牲了自己阻止了姥姥的邪恶计划。而燕赤霞抱着死去的媛媛消失在了夜空之中。多年以后，在现代

宁采臣与燕赤霞安葬好小倩的骨灰后，分道扬镳。宁采臣回到世间，正是奸臣当道，朝政混乱，民生困苦的时代。宁偶入一家黑店，险被残杀之际又被捕快误抓入狱，遇到名士诸葛卧龙，得其相救。逃出狱后路经一所荒寺，被年青鬼马道士知秋一叶缠上，误会不断。山庄中阴森恐布，隐藏着一只巨尸，然巨尸未现，却出现一伙白衣鬼魂。宁偶摘掉其中一女子面具，发现其竟与昔日恋人小倩一模一样......

讲述了猎妖师和千年树妖之间的恩怨以及聂小倩、燕赤霞和宁采臣之间的感情纠葛。