西元2191年，地球人类于史上首次与地球外智慧生命体接触，两者之间并引发战端。对方名为“卡米拉斯”。在拥有压倒性军事力量的卡米拉斯攻击下，地球防卫舰队即将溃灭，且由于卡米拉斯冥王星基地发射的游星炸弹对地球不断轰炸，将人类逼进地下都市，大地一片枯竭，大气遭到污染，地下都市中则因能源不足、饥饿、暴动等状况将人类逼入绝境。并且覆盖地表的污染亦往地下都市侵蚀。2198年，地球接收了来自异星人行星“伊斯坎达尔”的“次元波动引擎”技术供应，并开启了恒星间航行用宇宙战舰“大和”号的建造计划。2199年1月，经科学家估计

西元2191年，地球人类于史上首次与地球外智慧生命体接触，两者之间并引发战端。对方名为“卡米拉斯”。在拥有压倒性军事力量的卡米拉斯攻击下，地球防卫舰队即将溃灭，且由于卡米拉斯冥王星基地发射的游星炸弹对地球不断轰炸，将人类逼进地下都市，大地一片枯竭，大气遭到污染，地下都市中则因能源不足、饥饿、暴动等状况将人类逼入绝境。并且覆盖地表的污染亦往地下都市侵蚀。2198年，地球接收了来自异星人行星“伊斯坎达尔”的“次元波动引擎”技术供应，并开启了恒星间航行用宇宙战舰“大和”号的建造计划。2199年1月，经科学家估计

时代设定在距离前作约20年后的西历2220年，大和号已经沉入了深海17年。但此时对人类来说最宝贵的地球却受到了前所未有的大危机，它将在半年后被不断向地球移动的黑洞卷入。这个黑洞有着300倍于太阳的质量，它巨大的重力影响下，连光线都能完全吸入，并迅速地向地球逼近。受此威胁，3亿地球人决定移民到距地球二万七千光年的星球。由地球联邦组织移民船队，准备搬到跑地球2万7千光年的恒星系阿玛尔居住。但却受到神秘的大舰队的攻击。导致第一次和第二次的船队都遭到毁灭。于是，古代进作为第三次移民团的护卫舰司令，乘坐着从冰冷的海