二战结束末期，航行在海上的美军护航驱逐舰科恩布拉特号，接到了日本投降战争结束的消息，此时符合复员的官兵先后离舰，科恩布拉特号舰上最后一位指挥官斯特克勒中尉，则奉命将驱逐舰驶往圣地亚哥港退役。

近未来某一年，地球爆发毁灭性极大的致命病毒，从而导致全球超过半数的人口死亡。一望无际的茫茫大海，似乎成为病毒无法涉足的神域，而汤姆·坎德勒船长（埃里克·迪恩 Eric Dane 饰）所统领的阿利·伯克

京都的舞鹤港口,日本海上自卫队正在举行难得的搭乘宙斯盾驱逐舰体验航海活动。柯南、小兰、毛利小五郎和少年侦探团等人当选,与全国各地聚集来的孩子们一起登上了这艘装载着日本最先进武器的宙斯盾驱逐舰,体验着在电子武装下的高科技舰船上展开的惊心动魄的航海。突然,巨大的爆炸声响起,紧张不安的气氛在舰内蔓延。宙斯盾驱逐舰在表演过程中居然发射出实弹?!不久,海面上漂浮着自卫队员的遗体!而凶手到底会是谁？