刘国忠（任达华 饰）是一个身患绝症的警察，他的前途暗淡无光，他接到任务要保护一个证人的女儿。督察马军（甄子丹 饰）是身手了得的武术家，一心要接替忠的位置。忠派去黑道大哥宝爷（洪金宝 饰）身边的卧底意外

倒卖人体器官集团的主脑洪文刚（古天乐 饰）罹患严重心脏病，为了活命他甚至计划摘取亲弟弟洪文标（恭硕良 饰）的心。为了完成卧底工作不惜身染毒瘾的志杰（吴京 饰）随老大去码头劫持试图逃跑的洪文标，他的上司

陈国忠是一个事业走到低潮的资深警探，王宝是一个想把证人灭口的黑帮大佬。马军一心要取代陈成为重案组掌舵人，至于Jack 则是王宝手下的冷血杀手。 当马军加入重案组后，该组就有一个卧底被发现已死去三天。陈国忠认定是王宝所为，派人拘捕他。可是没有证据，王宝知道警方会放走他。为令黑帮大佬入罪，陈造伪证，整个重案组都知悉这件事，除了马军。当证据神秘消失时，马军发觉自己已被卷入这场陈与王之间的对决中

影片描述以香港探员卧底犯罪集团为故事背景，主要讲述了为了继续活命的洪先生、救女心切的狱警阿猜、一心弘扬正义的探员志杰等人之间的一场场人性善恶、因果宿命的警匪战斗。

香港警察李忠志得知女儿芝于泰国旅游间莫名失踪，即亲赴泰国报警求助。负责案件的华人探员崔杰，应允让他一同调查，却想不到李忠志利用媒体呼吁市民提供线索。一条意外拍下芝被捉走的片段上传至警方网站，却被神秘删除。崔杰即连同好友兼同袍Tak同赴寻找片主，却遇神秘人马截足灭证，狭路相逢，展开追截并与之搏斗。李忠志与崔杰两人逐步调查，却发现案中有案，并开始意识到凶手背后的神秘势力非他们能对付……