瑞秋，一个犹太裔美国医生，和一个阿拉伯裔美国政府官员杰克，在整个中东地区进行着一场徒劳的追逐，试图解决蕾切尔的寻宝兄弟的神秘死亡。从洛杉矶到约旦的沙漠，再到古城佩特拉，他们发现自己被一个叫做阿勒斯顿的世界末日团体所追捕，他们相信瑞秋和杰克拥有失踪的死海卷轴，这可能会导致末日的来临。

三年前的一天深夜，某海岛小屋发生了一起密室杀人案。被害人在反锁的屋内被锐物刺穿胸背，所在小屋亦被烧毁。已为警察的草薙俊平（北村一辉 饰）回到母校帝都大学，邀请12年不见的老同学汤川学 （福山雅治 饰）协助破案。汤川学一行来到案发现场附近，一边享受海滩风光一边寻找案件线索。随着杀人案侦破工作的推进，只为还原案件物理原理的汤川学逐步逼近着案件的真相，只是此时的他尚未意识到，人心亦是一门科学。片中亦穿插了一段汤川学与草薙俊平的往事。在海风的吹拂下，草薙俊平向汤川学的学生塩野谷（长泽雅美 饰）讲述了一起令他与年少

故事发生在一虚拟时空的背景下，有一侦探团专门帮人破解一些非比寻常的特殊灵异事件。某夜，一荒郊工厂发生一起异兽袭人事件，遇袭者家属邀侦探团团长何生等人前往，想尽快弄清事情始末。何生第一时间找到了隐藏在异兽背后的嫌疑人，可还没来得及调查事情的来龙去脉，嫌疑人就突然自杀了，此时嫌疑人女儿找上侦探团，拿出了父亲不可能是凶手的证据，并一口咬定是何生逼死了父亲。面对首次判断失误，又加上嫌疑人女儿的步步紧逼，侦探社遇到了前所未有的危机。何生去寻求老师的帮助，在老师的指导下，何生重整思路，终发现了破绽。原来，此次事件的最

影片讲述了民国时期永福村发现重大命案，警局体制陈旧不作为，推诿到侦探社，社长跑路，留下一心想破大案的女侦探周怡，陷入了迷茫。偶得高人指点，周怡来到县城监狱见到了风流倜傥的神探姚杰斯，协助她一起破案。当永福村命案初露端倪，却有人接连丧命。村子祠堂里诡秘的图腾，不配合调查的刁蛮村民，作案不会留下指纹的犯罪嫌疑人，错综复杂的迷案，周怡和姚杰斯屡次身陷绝境。

这日柯南、小兰一行人来到米花市市政大厅，一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观，发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士，50名游戏体验者也多是他们的后代，新一的父亲、推理小说大师工藤优作由于参与故事编写，也来到现场。这边热热闹闹，游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘J、T、R上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中，他利用优作的关系加入了体验者队伍，小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。

堂本一辉是著名的钢琴演奏家，两年前突然宣布不再演奏钢琴转而攻向管风琴，更斥资建造了堂本音乐厅，准备在落成之日举行演奏会。然而在演奏会之前，堂本音乐学院的学生相继死去，先是爆炸案，后是单个被杀。园子带着柯南一行人来听排练，认识了女高音歌唱家秋庭怜子，拥有绝对音感的秋庭也开始遭遇到危险：润生茶被下药、作森林浴时遭遇空气枪袭击、试演会当天更遭击晕。然而就是从这些事件中，柯南找到了推理的逻辑：凶手试图把秋庭排除在凶杀外。这边已经正式开演的演奏会浑然不知音乐大厅外已是爆炸连天，小兰、灰原哀以及演奏厅内的一千多人顿时

柯南和少年侦探团在参观一座西多摩新建的双子摩天大楼时，意外的发现了黑暗组织成员琴酒(Gin)。随后又发生了杀人事件。杀人事件还在继续，共同点是每名死者身边都会留下一个小的酒杯。就在柯南和少年侦探团寻找凶手的时候，琴酒也得知他正在寻找的叛徒雪莉将在不久之后参加西多摩双子大楼的落成典礼，并准备在典礼上将她刺杀。在典礼会场上，短暂的黑暗之后又有一人被害。现场也留下了小酒杯，显示凶手和之前的为同一人。就在警方和毛利小五郎调查案件的时候，琴酒引爆了藏在大楼内的炸药，销毁了黑暗组织和常磐财团的交易证据，同时将楼顶的柯

一天毛利小五郎收到一张请帖，里面是谜样男子的委托，需要前往横滨的一个游乐场。小五郎和柯南一行人快乐地到达欢乐的游乐场，还带上了可以出入无阻代表VIP的手表，不料正中那名神秘男子的圈套。所有带上手表的人不得离开游乐场，否则便会发生爆炸。从现在开始到晚上十点，柯南和小五郎如果不能解开谜题，兰和少年侦探团也会随着游乐园粉身碎骨。然而更意想不到的是，那名男子居然直接称呼柯南为工藤新一。

6件大范围的连续杀人事件发生在东京周边的数个地区。警方除了目暮警部之外，还派了各县的警员增援，小五郎也参加了搜查会议。此时柯南却因为一个偶然的契机，发现一个警察从会议中离席，并乘上了一辆跑车离去。 “那辆车……居然，是琴酒！！” “黑衣人组织”中的一员居然潜入了搜查会议，琴酒肯定是想乘坐跑车逃走。连续杀人事件莫非是“黑衣人组织”做下的罪恶勾当？事态一触即发！！如果让琴酒知道工藤新一仍然活在这个世上，那么不止新一本人，只要和他扯上关系的朋友们都会被从这个世上抹杀掉。所以在明知危机四伏的情况下，柯南仍然开始单

东京、大阪、京都相继发生杀人事件，5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查，发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名，以义经的家臣名字互相称呼，且都持有一本《义经记》，被害5人手中的《义经记》均被拿走。